Kedatangan islam di Indonesia telah banyak memberi pengaruh dalam berbagai aspek kehidupan masyarakatnya. Khususnya di Jawa yang mempunyai banyak sejarah dan kebudayaan yang mengakar. Hal itu bisa berupa budaya, kesenian, ritual, dan pendidikan. Lembaga pendidikan memberikan warna tersendiri bagi sejarah islam di jawa, karena dengan media pendidikanlah ajaran islam disebarluaskan kepada masyarakat. Pengaruh Walisongo tak pernah lepas dari peranan ini, karena merekalah yang mempunyai andil besar terhadap perkembangan agama islam. Pendekatan yang dilakukan walisongo sangat efektif untuk mengajak orang-orang yang kala itu masih beragama hindu-budha. Dengan kebudayaan, kesenian dan tentunya cara yang halus membuat orang-orang lebih simpati dan tertarik.
Jika kita mengkaji tentang sejarah budaya Jawa dan pendidikan, maka pesantren merupakan institusi yang tak dapat ditinggalkan. Menurut Dawam rahardjo bahwa pondok adalah hasil penyerapan akulturasi dari masyarakat Indonesia terhadap kebudayaan Hindu-Budha dan Kebudayaan Islam yang kemudian menjelmakan suatu lembaga yang lain dengan warna Indonesia.
Melalui konsep dan model pembelajaran pesantren yang sederhana ini kemudian dilanjutkan oleh para Ulama sampai sekarang. Hal itu menunjukkan keberhasilan Walisongo khususnya Maulana Malik Ibrahim yang pertama kali memperkenalkan pesantren.
